L'attuale cimitero sorge su un'area utilizzata come necropoli gia dai punici, dai romani e dalle prime comunità cristiane di Cagliari; a testimonianza di cị restano diverse grotte scavate nella roccia calcarea del colle, utilizzate anticamente come sepolture, dove sono stati ritrovati numerosi reperti archeologici oggi conservati nel museo di Bonaria.
Il cimitero di Bonaria venne costruito nel 1828 ad opera del capitano del Genio militare Luigi Damiano. Trent'anni dopo venne ampliato su progetto di Gaetano Cima Dal 1968 le sepolture si effettuano solo nel cimitero di San Michele, aperto nel 1940.